A hitélet újjászervezésével az első egyházi épületek is elkészültek a török uralom alól felszabadult Kaposváron. A belső várban álló romos tornyot 1694-ben azzal a feltétellel kapták meg a bencések, hogy maguknak kápolnát és rendházat építenek. A következő évben fel is épült a kápolna, 1702-ben pedig – a lebontott vár anyagának felhasználásával, eredetileg a Boldogságos Szűz tiszteletére szentelve – megépült a város fatalpas sövénytemploma szentéllyel, sekrestyével és fatoronnyal. Tetőzetét fazsindely fedte, a római katolikus templom hossza 27, szélessége 9 lépés volt. Ez persze nem lehetett tartós megoldás: az összeomlás határára került fatemplomot már 1736-ban lebontották, és a helyén megkezdték a második istenháza építését.

Tizenkét évi munkával, 1748-ra készült el az új, erős szerkezetű templom, melynek építési költségeihez a hívek mellett Esterházy Pál Antal herceg, a kaposvári uradalom tulajdonosa és végrendeletében Vörös József Gábor plébános is hozzájárult. A Szentháromságnak szentelt, toronnyal és sekrestyével épült egyhajós téglatemplom hossza 34, szélessége 9,5 méter volt. Az 1778-ban tartott egyházlátogatás megállapította, hogy az épület szűk, de jól el van látva felszerelési tárgyakkal. A barokk stílusú templomot a század végére kibővítették: oratóriumot és két oldalkórust kapott, s felszentelési címét is valószínűleg ekkor, az átalakítási munkálatok során változtatták meg Nagyboldogasszonyra.

A második templom alaprajza

Egyes kutatók azonban egészen másképp látják a főtéri templom múltját. Timár Péter szerint az valószínűleg Árpád-kori eredetű, és a mai Kaposvár területén elhelyezkedő középkori település, Omak plébániatemploma volt. „Fatemplomról” pedig azért beszélnek a források, mert a megrongálódott több száz éves templomot faanyag felhasználásával javították volna ki átmenetileg a 18. század elején, esetleg egy másik helyen emeltek ideiglenes faépítményt, amíg újjá nem épült a régi templom…

A bencésekét több kápolna építése is követte a 18. századi Kaposváron: az Anna utcai iskola helyén álló Szent Kereszt kápolnáé (a későbbi Szent Anna-kápolnáé), a Nepomuki Szent János-kápolnáé a régi Széchenyi téren (a mai Berzsenyi utca elején), valamint az Ivánfa-, a Kapos- és a Róma-hegyi kápolnáé. 1814 áprilisában Tulok Ferenc kaposvári esperesplébános megáldotta a helyreállított kaposvári kálváriát.

A nagytemplom egyébként a városra jellemző „rebellis” hagyományok továbbéltetéséből is kivette a részét. 1850-ben itt zavarták meg a császárért mondott imát, 1867-ben itt tartották meg az első nyilvános október 6-i  megemlékezést…