Ahogy a szentjakabi apátságot vezető bencés szerzetesek Kaposvár történetének legelső korszakában is szerepet játszottak (pontosabban még azelőtt, hogy városról egyáltalán szó lehetett volna), úgy a török alól felszabadult területen is ők szervezték meg először a hitéletet.
Széchenyi Pál veszprémi püspök 1693. augusztus 7-én Szenczy Románt, a hatvanadik életéve táján járó bencés rendi jószágkormányzót nevezte ki kaposvári plébánossá: „Bízva nagyon tisztelendő Szenczy Román atya buzgó, ernyedetlen lelkipásztori munkásságában, neki, mint elismerésre méltó, érdemeket szerzett férfiúnak, a kaposvári plébániát adományozzuk.” A település első plébánosa korábban irodalommal is foglalkozott, például lefordított egy Szent Benedek ereklyéinek ismertetéséről szóló művet. Mivel Kaposváron akkor még nem volt plébánialak, a városban otthon nélkül, szerzetesi szegénységben élt, megosztva híveivel az élet minden viszontagságát. Néhány hónapi plébánosi működés után, 1693. november végén hunyt el; a jutai templomban helyezték örök nyugalomra. Egyik kortársa szerint Szenczy atya azt tartotta, „hogy az egész élet vagy imádság, vagy küszködés. A kényelmes semmittevés pedig az élő ember temetője.” (Hoss József: A kaposvári plébánia története. Veszprém, 1948. 13–14. o.)
A jezsuita rend címere
Szenczy Román után több rendtársa is betöltötte ezt a tisztséget. Bár ezek a bencések nem voltak a mai értelemben vett plébánosok, inkább katonai lelkésznek lehetett őket tekinteni. A kaposvári plébánia megalapítására – amelyet már nem bencés szerzetes, hanem egyházmegyei pap vezetett – csak évekkel később, 1715-ben került sor. A 18. század elején már templom is állt a főtéren.
A 17. század végén más rendek is kiterjesztették működésüket Kaposvárra. A Jézus-társaság egyik tagja már 1687-ben kiszolgáltatta a szentségeket a településen, 1689-ben pedig a hittérítő jezsuiták négy mohamedánt kereszteltek meg, akik a vár visszavívása után is Kaposváron maradtak. Hoss József egyháztörténész szerint a muzulmánok azok közé a török rabok közé tartozhattak, akiket a várat visszafoglaló Badeni Lajos őrgróf hagyott Kaposváron.