Az 1699. évi karlócai békével alapvetően megváltozott katonapolitikai helyzetben napirendre került a végvári rendszer gyökeres átalakítása, azaz egyes magyarországi erődítmények megszüntetése. Úgynevezett várrombolási rendeletek születtek, amelyeket később azzal magyarázott a romantikus magyar történetírás, hogy a gaz Habsburgok – természetesen a nemzeti és a műemlékvédelmi szempontokat teljesen figyelmen kívül hagyva – kizárólag ártani akartak nekünk. A valóság azonban az, hogy merőben racionális meggondolások álltak a „rombolás” hátterében. A régi, elavult végvárakra a török visszaszorítása miatt ugyanis már nem volt szükség, fenntartásuk viszont sokba került, és jelentős számú császári haderőt vont el más frontokról.
A birodalmi hadvezetőség tehát csökkenteni igyekezett a gyatra állapotban levő erődök számát, hogy kevesebb, de jól felszerelt várat tarthasson hadrendben. A Dél-Dunántúlon ezért nyilvánították kiemelt jelentőségűvé a szigetvári várat – egyebek mellett Kanizsa, Dombóvár és Kaposvár rovására…
Az Udvari Haditanács kancelláriáján 1702. január 26-án készült el az a várrombolási rendelet, amely a kaposvári vár sorsát is megpecsételte. Márciusban megkezdődtek a végrehajtás előkészületei. A műveletet a szigetvári parancsnok, Johann Joseph de Huyn altábornagy vezette, aki a Péterváradról küldött Ferdinand Helm hadbiztossal és Lorenz Fabian Silbereisen szigetvári tüzérparancsnokkal együtt április 12-ére be is fejezte a kaposi erősség felmérését. A munkálatokhoz Kaspar Dörck hadmérnököt is kirendelték.
Így esett, hogy Kaposvár sokat szenvedett, de az ostromokat mégis átvészelő várát a béke idején, 1702 tavaszán felrobbantották, illetve megkezdték módszeres elbontását. Mindehhez a vármegyéknek kellett ingyenmunkára jobbágyokat, a fuvarozáshoz pedig – hogy a hadfelszerelést Budára szállíthassák – kocsikat és vonóállatokat küldeni. A romokból az Esterházy-uradalom tiszttartói utóbb magtárat építtettek.
Korábban – mondhatni – a vár történetéről beszélhettünk igazi város nélkül, míg ezekben az években a város története kezdődött el a település nevében továbbra is szereplő, de egyre inkább csak a városlakók emlékezetében élő vár nélkül…