A török hódoltságot a kaposi vár sem kerülhette el. De az 1686. évi felszabadulás felemás korszakhatárnak bizonyult: véget vetett ugyan egy zsákutcás, a területet egy keleti monarchia sorsához kapcsoló időszaknak, de még nem jelentette a valódi megújulás nyitányát. Megjelentek a fejlődés csírái (nemsokára megalakultak az első céhek, templom épült, kibocsátották az első urbáriumot), de a várat felrobbantották, és a visszafoglalás utáni negyed évszázad eseményei – elsősorban a Rákóczi-szabadságharc alatt történtek – a teljes pusztulás szélére sodorták a lassan éledező Kaposvárt. Csak az Esterházy Pál herceg által 1712 végén aláírt telepítési szerződés jelentette a valódi újrakezdést.