Az 1555. évi ostrom után Kapos a török végvárak sorába lépett. Noha a megszállók egy kisebb közigazgatási egység, a szandzsákon belüli úgynevezett náhie központjává tették, amelyhez 83 helység tartozott, Kaposvárt mégsem valamiféle hivatalközpontként tartották számon, hanem mindenekelőtt katonai bázisként, ahol több száz moszlim harcos védte a szultán érdekeit.

A végvári csatározásokból az itteni törökök és a szomszédos erősségek magyar katonái egyaránt kivették a részüket. Még alig melegedtek meg Kaposban az igazhitűek, amikor egyik somogyi portyájuk során felégették a szenyéri végvár mögötti Szőcsényt. (A szenyéri katonaság háromszáz kaposvári török portyázóról adott hírt.) A kaposi török különítmény egyik leghíresebb akciójára 1561 nagypéntekjén került sor. Történt, hogy Kálmáncsehi polgárai – a pécsi bég jóindulatú figyelmeztetése ellenére – elmulasztották megajándékozni Dzsáfert, a kaposi török várőrség új parancsnokát, aki ezért katonáival együtt maga látogatta meg a somogyi mezőváros fukar lakóit. A törökök betörtek a kálmáncsehi templomba, és több polgártársával együtt az istentiszteletről hurcolták el Kaposvárra Szegedi Kis István (1505–1572) kálvinista prédikátort. A lelkész rabként utóbb Pécse, majd Szolnokra került, és csak 1563-ban, magas váltságdíj ellenében nyerte vissza szabadságát.

Török–magyar párbaj a 16. században

Szintén 1561 áprilisában a szenyéri magyar végvári katonaság csapott Kapos vára alá, és Kecel faluban el is fogott két törököt. A mozgalmas 1561-es év végén újra a kaposi törökök próbálkoztak: más török csapatokkal együtt Fonyódra támadtak, de nem jártak számottevő eredménnyel. Feltörték ugyan a szőlőhegyi pincéket, és felégették a betakarított gabonát, de emberben és lóban ők is súlyos veszteségeket szenvedtek.

A portyák mellett – egészen Kapos várának felszabadításáig  – a rabokkal folytatott kereskedelem és a számos török–magyar párbaj is a végvári élet jellemzői közé tartozott. Az előbbit a váltságdíj, az utóbbit a virtus ösztönözte. A párbajokat egyébként a török és a keresztény hadvezetőség egyaránt tiltotta, nehogy az efféle kisebb csetepaték miatt boruljon fel a nehezen tető alá hozott fegyverszünet. 1582-ben például Ernő főherceg, a Haditanács elnöke egyenesen a budai basánál panaszolta be Mehemet kaposvári agát, mert az szerinte rút szidalmakkal igyekezett bajvívásra kényszeríteni a veszprémi vicekapitányt. (A párbajok persze később sem voltak ismeretlenek ezen a vidéken…)

Magyar oldalról talán gróf Batthyány Ádám (1610–1659) dunántúli főkapitány kereskedett a legnagyobb kedvvel és tehetséggel az elfogott kaposi törökökkel. 1649 és 1657 között Kaposból huszonnégy török, öt rác és egy cigány rab került a Batthyányak börtöneibe.