A forgalom növekedését látva és a kaposváriak kérésnek engedve báró Dániel Ernő kereskedelemügyi miniszter (Kiss Ernő aradi vértanú unokája) 1897. november 6-án elrendelte, hogy bővíteni kell a vasútállomást.

A feladat azonban nem volt éppen egyszerű, hiszen még meg kellett építeni a donneri vasúti felüljárót. Ráadásul kevés volt a pénz, így csak 1899. augusztus 9-én fogtak bele az új indóház építésébe. (A régit lebontották.) Az építkezést végig viták kísérték; eleinte abban sem alakult ki egyetértés, hogy hol álljon a felvételi épület. Ezenkívül elégedetlenséget szült a hír, hogy az alapozási munkáknál zágrábi kőműveseket alkalmaznak, miközben a városban több kőművesmesternek nincs munkája… A befejezést ismét a pénzhiány késleltette, később meg azon vitatkoztak, hogy milyen tapétákat rakjanak fel, s villanyárammal vagy petróleummal világítsanak. Csúsztak a kivitelezők is, s amikor végre elkészültek, szolidan, nagyobb ünnepélyesség nélkül – bár szép közönség jelenlétében – adták át a forgalomnak a vasútállomást 1900. november 16-án. Az építkezés mintegy 280 ezer koronába került.

A vasútállomás épületének homlokzata

Azt mondják, hogy Pfaff Ferencnek (1851–1913), a magyarországi vasúti épületek legnevesebb tervezőjének ez az egyik legérdekesebb alkotása, a legszebb és legsikerültebb hazai indóházak közül való. A Pfaff által tervezett pályaudvarok egyszerre mértéktartóak és méltóságteljesek, szerények és arányosak. A historizáló stílusú kaposvári állomáshoz hasonlóan, amely a versecinek és a szatmárnémetinek is mintájául szolgált.

A kaposvári vasútállomást természetesen még fejleszteni kellett. 1902 júniusában bevezették a telefont, s 1905 tavaszán villanyvilágítás váltotta fel a petróleumlámpákat az épületben. A pályatesten is ívlámpákat állítottak fel.

Az indóház később átélte a városon átsöprő történelem sok nagy és nehéz pillanatát. 1908 elején az állomás vendéglőjében alakult meg – Nagyatádi Szabó István vezetésével – a Somogy Megyei Kisgazdák Egyesülete. Az első világháborúban a 44-es gyalogezred „rossebbakái”, a második világháborúban a 10. könnyű hadosztály alakulatai innen indultak a frontra. 1944 nyarán a haláltáborokba hurcolt zsidók is követték őket…, az amerikai repülőgépek pedig bombákat szórtak az állomás környékére.

Több mint egy évszázad alatt számos híresség fordult meg a vasútállomáson. Blaha Lujzát is itt fogadták második kaposvári látogatásakor, 1904 májusában. Horthy Miklós többnyire különvonaton jött – akárcsak Kádár János 1967 márciusában. A legjelesebb vendég alighanem a Szent Jobb volt a jubileumi Szent István-évben, 1938-ban…