A kaposi vár stratégiai jelentőségének növekedéséről tanúskodik, hogy az 1540-es években már a birodalom legmagasabb köreiben is figyelmet keltett a sorsa. Az 1546. évi 44. törvénycikk kimondta, hogy I. Ferdinánd királynak egyebek mellett Kaposújvár váráról is gondoskodnia kell, mert azt a török terjeszkedés csaknem minden bevételi forrásától megfosztotta. Három év múlva a Helytartóság szintén arra kérte a királyt, hogy fordítson gondot a kaposi vár fenntartására. Indoklásuk szerint Sziget után már Kapos a környék legnagyobb erőssége. Kaposújvár védőinek katonai ereje természetesen nem érte el a legkomolyabb várakét: 1546-ban egy számadás szerint ötven lovas és ötven gyalogos katona kapott zsoldot az erődítményben.

Az 1543-tól, Pécs elestét követően végvárrá vált kaposi vár őrsége főleg szabad dunántúli hajdúkból állt, akik olyan elszánt harcosok voltak, hogy a törökök mellett bizony a vidék keresztény lakosságára is veszélyt jelentettek. Odáig fajult a helyzet, hogy a szigeti kapitány kénytelen volt fegyveres erőt alkalmazni ellenük, s a félig-meddig rablásból élő kaposi katonák közül többeket kivégeztetett. (Elhatározta, hogy olyan kínzások által kell elveszniük, amilyeneket ők követtek el a parasztokon.) A kaposi vár katonáiról feljegyezték, hogy erőszakoskodásuk még közvetlenül a török támadás előtt, 1555 nyarán is csetepatéhoz vezetett a kiskomáromi vásárban.

A Carlo Manone-féle metszet (1686)

A Kapos menti erődítmény sorsa 1555 szeptemberében pecsételődött meg, amikor Tujgon budai beglerbég többezres sereggel, továbbá nyolc nagy faltörő ágyúval megkezdte az ostromot. Dersfy István, a vár birtokosa előzőleg Bécsbe indult, hogy a királytól kérjen katonákat és hadieszközöket a védelemhez. A török csapatok többnapi heves harc után – szeptember 17-én, más nézetek szerint szeptember 20-án vagy 21-én – foglalták el a Marcinkó nevű parancsnok és emberei által védett kaposi várat. A döntő roham előtt a török napokig törette a falakat, és elvezette a várat védelmező mocsár vizét. A belső várba szorult védők végül szabad elvonulás fejében megadták magukat; a harcot túlélő hajdúkat Pethő János keszthelyi kapitány fogadta be. A török egyúttal az ekkor már várként használt zselicszentjakabi monostort is elfoglalta.

A szultánnak elsősorban azért volt fontos ez a győzelem, mert hadainak sikerült végre bekeríteniük Szigetvárt. A Kapos mentén is megkezdődött a török hódoltság időszaka…