Kaposvár oktatásügyében is az 1777. évi Ratio Educationis, Mária Terézia tanügyi rendelete hozott komolyabb változást, bár az 1715-től működő elemi iskola továbbfejlesztése újabb évtizedet váratott magára. A királyi rendelet értelmében úgynevezett nemzeti iskolát kellett felállítani Kaposváron: ez olyan elemi tanoda volt, ahol három osztályban oktattak, és nemzeti nyelven (tehát anyanyelven) folyt a tanítás.

Kaposvár városa – felsőbb nyomásra – végül 1787. február 8-án vállalt szerződéses kötelezettséget a nemzeti iskola létrehozására és tanítóinak fizetésére. „Mint hogy a mostani Oskola házunk a számosabb gyermekek tanittásához és a tanittó Mesterek lakásához képest nem elegendő – áll a Golits József városbíró által is aláírt dokumentumban –, szükség képpen, hogy mind a tanulóknak alkalmatossága, mind a Tanittóknak szabad lakása meg szereztessék, újjat építtenünk kölletik; mellynek mind kézi, mind szekeres munkájára, úgy utóbbi épségben való megtartására magunkat és maradékainkat kötelezzük.” (Hoss József: A kaposvári plébánia története. Veszprém, 1948. 281. o.)

Az iskolafenntartás terhét azonban sem a város, sem az Esterházy-uradalom nem vette szívesen a vállára. A kaposváriak – „337 adózó házból álló városunk szegénysége miatt” – összesen csak háromszáz forintot szántak a tanítók fizetésére, ami még az élelmezésükre sem futotta volna. Hogy a földesúr, Esterházy Miklós herceg milyen összeggel segélyezte a tanodát, nem tudjuk, az viszont tény, hogy hosszas tárgyalások után 1788-ban valóban megnyílhatott a kaposvári nemzeti iskola – egyelőre két tanteremmel. Az építkezéssel amúgy keveset bajlódtak: nem emeltek új iskolaházat, hanem a hercegtől kapott épületfa felhasználásával a régi tanteremhez egy újat illesztettek. A tanoda „kis polgárai” csak a reformkorban kaptak új épületet. 

A nemzeti iskola sorsa a gimnáziuméhoz kapcsolódott a 19. század elején. Igazgatójuk közös volt, s a magasabb iskola érdekében átmenetileg vissza is fejlesztették a kaposvári elemit. Hiszen a vármegye csak úgy nyithatta meg 1806-ban a „pedagógiumot”, hogy a város nemzeti iskolájának harmadik osztályát a gimnázium első osztályává minősítették át.

Az ugyancsak 1806-ban kiadott második Ratio Educationis értelmében tehát kétosztályos altanodává vált a kaposvári római katolikus elemi iskola. 1847-ig működött altanodaként, amikor is visszakapta a gimnáziumtól a harmadik osztályt.