A szabadságharc veresége utáni néhány év vízválasztó volt a kaposvári középiskola történetében. Ekkortájt, 1850. augusztus 13-án tartotta meg alakuló gyűlését az intézmény anyagi ügyeinek kezelésére és érdekeinek védelmére hivatott gimnáziumi választmány. Az iskola alapítóinak utódaiból, a pártfogókból és megbízottaikból álló testület ezekben a nehéz időkben a gimnázium puszta létéért harcolt a központi hatalommal. Szerencsére sikerült megakadályozni, hogy katonai laktanyának foglalják le az épületet, azt a csapást viszont nem lehetett elhárítani, amely 1850. szeptember 7-én sújtott le a kaposvári középiskolára: a kormány rendeletben vonta meg nyilvánossági jogát. (Az állam csak akkor ismerte el ezt a jogosítványt, ha teljesültek az állami gimnáziumok számára előírt követelmények.)

Az intézkedés nagy elkeseredést szült a megyében, s mind a tantestület, mind a választmány kitartó küzdelmet indított az elvesztett jog visszaszerzésére. Ez a következő év tavaszán sikerült is: gróf Thun Leó (1811–1888) vallás- és közoktatásügyi miniszter 1851. március 27-én kelt leirata szerint visszakapta nyilvánossági jogát a gimnázium.

Gróf Thun Leó miniszter

Az amúgy sem csekély gondokat azonban tovább súlyosbította, hogy a szabadságharc vereségével értéküket veszítették a Kossuth-bankók, s ezzel az iskola anyagi alapjai is megrendültek. Ráadásul nem csak a nyilvánossági jogról kellett lemondania a somogyi megyeszékhely középiskolájának az ötvenes évek elején, hiszen négyosztályos algimnáziummá fokozták le az új tanügyi szervezetnek meg nem felelő, rosszul felszerelt középiskolát. A kisgimnázium válságát jól mutatja, hogy az 1850–51-es tanévben már csak negyvenhat tanulója volt, ami mélypont az intézmény történetében…

Gruber János viszont, aki nem sokkal később, 1856-ban kezdte meg tanulmányait a kaposvári gimnázium első osztályában, arra is rávilágít népszerű könyveinek egyikében, hogy a pedagógusok az önkényuralom idején is igyekeztek helytállni a katedra mögött: „Jólesik elmondanom, hogy ez a tanári kar abban az elnyomott korszakban, hol a szabad szó és gondolat is tiltva volt, igaz, hazafias szellemben nevelt bennünket, és ha meg is gyötörtek a Vaterlandskunde előírt tanításával, de azért a szabadságharc hű és részletező előadásáról sem felejtkeztek meg […].” (Gruber János: Morzsák a negyvenéves asztalról. Kaposvár, 1913. 156. p.)

A gimnáziumért folytatott küzdelem, amelynek tétje az iskola megmaradása és fejlődésének beindítása volt, még sokáig folytatódott…