A rendszerváltozással újra megkezdődhetett az iskolai vallásoktatás, hamarosan katolikus középiskola és óvoda, majd református általános iskola nyílt, a Csokonai Vitéz Mihály Tanítóképző Főiskolán pedig hitoktatói szakkollégium indult. A kilencvenes évek elejének egyházi átalakulása a kaposvári püspökség megszervezésével vált teljessé.
II. János Pál pápa Hungarorum gens… kezdetű apostoli levelével 1993. május 30-án – pünkösdkor – alapította meg a Kaposvári Egyházmegyét a Veszprémi Püspökségnek a Balatontól délre eső, Somogy megyét és Dél-Zalát felölelő részéből, valamint néhány Baranya megyei faluból. Az egyházmegye védőszentje Szent László király lett.
Balás Béla megyés püspök
Részlet az alapító okiratból: „A magyarországi Egyház, amely a közelmúltban fájdalmas próbatételeknek volt kitéve, most osztozik az egész nép örömében a szerencsésen visszanyert szabadság miatt, és hálát ad az Úrnak, hogy már szabadon adhatja a társadalomnak Krisztus és az ő Evangéliuma világosságát. Az új körülmények azonban, amelyekben küldetését teljesítenie hivatott, megkívánják egyházmegyei beosztásának újrarendezését […].” (A Kaposvári Egyházmegye névtára. Szerk. Fliszár Béláné. Kaposvár, R. K. Püspöki Hiv., 2003. 246–247. o.)
1993. június 16-án Angelo Acerbi apostoli nuncius és Paskai László prímás jelenlétében a Nagyboldogasszony-székesegyház falai között iktatták be tisztségébe Balás Bélát, a Kaposvári Egyházmegye első püspökét, a korábbi veszprémi segédpüspököt – aki a ceremóniára vitorlás hajóval érkezett a Balaton északi partjáról Somogyba. Az egyházmegye papsága nevében az általános helynöknek kinevezett Wirth János köszöntötte Balás Bélát. „Szent István a veszprémi püspökséget sziklára építette, a pápa a kaposvárit Betonra” – mondta Wirth, arra célozva, hogy a megyés püspök fiatalkorában „betonhátvéd” volt a futballpályán, s az idő múltával rajta maradt ez a megszólítás. (Somogyi Hírlap, 1993. június 17.)
„Amikor a püspöki kinevezésemet meghallottam, átvillant az agyamon, hogy ez a Vatikán legújabb vicce – indította a beiktatási szentmisén mondott ünnepi beszédét az új püspök. – Aztán ahogy kezdtem alázatosan gondolkodni rajta, még többre jöttem rá. Ez az Isten humora, amit mindig is megcsodáltam, ami mindig is végigkíséri az Isten népét. […] Elindulni pénz nélkül, tartalék nélkül, fegyver nélkül, összeköttetések nélkül […]. Ha valaki, mint a magyar népmesei hős, elmegy egy vándorbottal, hamuban sült pogácsával, az csináljon, amit tud. Itt az én vándorbotom, hamuban sült pogácsám a bibliám.” (Kapos Tv 7. Városi hetilap, 1993. június 24.)